Câu chuyện diễn ra trong cuộc xung đột giữa Công quốc Krakozhia và Cộng hòa Grania. Giữa cuộc giao tranh, một vị cứu tinh xuất hiện cho Công quốc Krakozhia, và đó là một học sinh trung học tên là Yano Souhei.
Vietsub - HDHoàn tất (25/25) Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Hunter-tachiDigimon Fusion, Digimon Cross Wars, Digimon Xros Wars: Toki wo Kakeru Shounen Huntertachi, Digimon Xros Wars: The Hunting Boys Running Through Time, Digimon Xros Wars: The Young Hunters Who Leapt Through Time